Der Höhepunkt des tschechischen Volksaufstandes gegen die deutschen Besatzer im Mai, der spontan am 1. Mai 1945 in Přerov ausbrach, war der Aufstand in Prag. Es begann am 5. Mai, und den Rebellen gelang es, die Deutschen zur Kapitulation zu zwingen, ein Vielfaches des Blutvergießens zu verhindern und ein schnelleres Eingreifen der Roten Armee zu provozieren. Der Kommandant des Aufstands, General Karel Kutlvašr, wurde dafür nach dem kommunistischen Putsch zu lebenslanger Haft „verurteilt“, aber auch andere Vertreter der Rebellen wurden verfolgt.

Dem Prager Aufstand gingen eine Reihe von Aufständen im gesamten Protektorat, intensive Partisanentätigkeit, aber auch Nachrichten über den Beginn des Kriegsendes, Hitlers Tod, die Einnahme Berlins und Gerüchte über herannahende Amerikaner voraus.

Widerstandsoffiziere bereiteten sich seit Februar 1945 auf eine bewaffnete Demonstration in Prag vor, als sie versuchten, Patrioten zu organisieren. Anfang Mai wurde das Kommando von Alex und Bartoš aus den Überresten der von den Nazis zerstörten Widerstandsorganisation National Defense unter der Führung der Generäle František Sluneček und Karel Kutlvašr gebildet. Noch früher wurde der Tschechische Nationalrat aus der Zusammenarbeit aller Komponenten des politischen Widerstands unter dem Vorsitz von Professor Albert Pražák gebildet.

Bereits am 4. Mai beschloss die Protektoratsregierung die Aufhebung der Vorschriften über zweisprachige Beamte, zweisprachige Aufschriften und ein Verbot des Zeigens der tschechoslowakischen Flagge, und Verkehrsminister Jindřich Kamenický wies die Eisenbahn- und Postbehörden an, die deutschen Aufschriften zu entfernen.

Diese Aktivität breitete sich schnell auf andere Anwohner aus, die begannen, deutsche Straßen- und Geschäftsnamen zu zerstören. Menschenmassen versammelten sich auf dem Prager Wenzelsplatz und es verbreiteten sich Gerüchte über die herannahenden Amerikaner.

Das Signal zur Meuterei wurde von der Bartoš-Zentrale am Samstag, dem 5. Mai, per Funk gegeben. Die Deutschen versuchten, den tschechischen Rundfunk zu verhindern, und der schwerste Kampf wurde am Rundfunkgebäude ausgetragen, aber die Rebellen hielten stand.

Nach dem Mittag waren Hilferufe von den Empfängern zu hören, die eine Meuterei im gesamten Protektorat sowie einen Zustrom von Kämpfern vom Land signalisierten. Polizei, Gendarmen und Angehörige der Armee der Protektoratsregierung waren ebenfalls beteiligt.

Prag wurde für die deutschen Rückzugspläne unpassierbar (die millionenstarke deutsche Armee wurde bei Hradec Králové eingekreist und stand kurz davor, in amerikanische Gefangenschaft zu gehen), daher begann am frühen Morgen des 6. Mai eine starke deutsche Offensive. Auf den Straßen wurden mehr als 1.500 Barrikaden errichtet, die von mehr als 30.000 Rebellen verteidigt wurden. Immer wieder ruft das Radio um Hilfe.

Der 7. Mai war der Tag der schwersten Kämpfe in Prag. Die schlecht bewaffneten Rebellen verloren nach und nach die befreiten Gebiete und vor allem Hunderte von Menschenleben. In einem kritischen Moment kam unerwartete Hilfe von General Andrei Wlassows Russischer Befreiungsarmee (ROA) nach Prag (angeblich gegen seinen Willen, Wlassow war zu diesem Zeitpunkt nicht in Böhmen und die Armee wurde von General Sergej Buňachenko kommandiert).

Die Vlasovci – ehemalige Rotarmisten, die sich in deutscher Gefangenschaft dem Nazidienst angeschlossen hatten – versuchten am Ende des Krieges nach Amerika zu gelangen. In Prag besetzten sie ab dem 6. Mai wichtige Stützpunkte (z. B. den Flughafen Ruzyne) und einen Teil der Stadt. Die CNR weigerte sich jedoch, sie als Verbündete anzuerkennen, da sie eine Reaktion der Sowjetunion befürchteten, und so verließen sie Prag in der Nacht des 8. Mai. Obwohl etwa 300 Menschen aus Wlassow in Prag gefallen sind, hat die kommunistische Propaganda nach dem Krieg über sie geschwiegen.

Das Londoner Exil versuchte, das amerikanische Kommando von der Notwendigkeit zu überzeugen, in die Schlacht um Prag einzugreifen. Die Amerikaner bestanden jedoch auf einem Abkommen mit der Roten Armee, wonach Böhmen sowjetisches Operationsgebiet sei. Die Rote Armee, die am 6. Mai mit der Prager Operation begann, musste sich zunächst durch das Erzgebirge kämpfen.

Nach der allgemeinen Kapitulation der deutschen Streitkräfte in Europa unterzeichnete der Befehlshaber der deutschen Streitkräfte, General Rudolf Toussain, am 8. Mai ein Kapitulationsabkommen mit dem Nationalrat. Aber einige Kommandeure, insbesondere aus den Reihen der SS, weigerten sich immer noch, sich jemand anderem als den Amerikanern zu ergeben.

Die ersten sowjetischen Panzer trafen am 9. Mai gegen 3 Uhr morgens in Prag ein, die letzten Kampfhandlungen endeten am Morgen. Um 7:40 Uhr sendete CNR Radio eine Erklärung, die mit den Worten begann: „Die berüchtigte Rote Armee ist in das freie Prager Territorium eingedrungen …“

3.000 Menschen starben beim Prager Aufstand. Neben den Tschechen waren auch Menschen vieler anderer Nationalitäten, etwa 500 Soldaten der Roten Armee (einschließlich des Raums um Prag) und 300 Menschen aus Wlassow, sowie zum Beispiel Flüchtlinge aus der Gefangenschaft. Im Jahr 2015 veröffentlichten Historiker des Instituts für Militärgeschichte (VHÚ) die bisher genaueste Liste der Getöteten und erweiterten die ursprüngliche Nachkriegsliste von etwa 1.200 Namen auf 2.898.

Die Opferliste des Prager Aufstands des Landeskriminalamts Prag, die auf der VHÚ-Website abrufbar ist, enthält Daten über 2.753 Menschen, die während des Prager Aufstands grausam getötet wurden, davon 1.998 Tschechen, 432 Deutsche und 77 Russen (darunter alle Unionsnationalitäten) damals sowjetisch).

Der Kommandant des Prager Aufstands, General Kutlvašr, wurde im Mai 1949 nach dem kommunistischen Putsch wegen Hochverrats zu lebenslanger Haft verurteilt. Er wurde 1960 freigelassen und starb im folgenden Jahr. Kutlvašrs Hauptschuld scheint darin zu bestehen, Toussaint (der in den 1950er Jahren Mitgefangener in Leopoldov gewesen war) zur Kapitulation zu bewegen, wodurch einer halben Million deutscher Soldaten erlaubt wurde, als Gefangene nach Amerika zu gehen und nicht zu versuchen, sich durch Prag zu kämpfen.

Aber die sowjetische Seite mochte das nicht, aus ihrer Sicht trug es dazu bei, das militärische Potenzial des Feindes zu stärken. Daher wurden er und die anderen Anführer des Aufstands zu Feinden der Sowjetunion erklärt.